Como comparar arrays por igualdade?

Um array é, em si, um objeto em Java, então ele herda Object.equals, que compara as duas referências. Nesse sentido, um array só é igual a ele mesmo — dois arrays distintos com exatamente os mesmos elementos ainda são considerados objetos diferentes.

Na maioria das vezes, o que você realmente quer é comparar o conteúdo dos seus arrays: dois arrays são iguais se contêm os mesmos elementos, na mesma ordem. É isso que Arrays.equals te dá. Ele recebe dois arrays e retorna se o conteúdo deles é igual — existem também sobrecargas que recebem intervalos de índices, permitindo comparar apenas uma parte do primeiro array com uma parte do segundo.

Você pode achar que já terminou, mas não terminou — um array pode conter subarrays. Se você comparar um array bidimensional com Arrays.equals, cada subarray é comparado com Object.equals, ou seja, por referência, que quase nunca é o que você quer.

Para esse caso, você precisa de Arrays.deepEquals, que percorre recursivamente os subarrays e compara o conteúdo deles também.

java
int[] a1 = {1, 2, 3};
int[] a2 = {1, 2, 3};

a1.equals(a2);          // false — comparação por referência
Arrays.equals(a1, a2);  // true  — comparação de conteúdo

int[][] m1 = {{1, 2}, {3, 4}};
int[][] m2 = {{1, 2}, {3, 4}};

Arrays.equals(m1, m2);      // false — subarrays comparados por referência
Arrays.deepEquals(m1, m2);  // true  — subarrays comparados por conteúdo

Regra prática: use Arrays.equals para arrays simples, de uma dimensão, e Arrays.deepEquals para arrays multidimensionais (ou de alguma forma aninhados).

Um último detalhe: os dois métodos suportam elementos null. A convenção é que dois valores null são considerados iguais, então eles não vão falhar se o seu array contiver nulls. Dito isso — evite colocar valores null nos seus arrays sempre que possível.